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根據文獻報道，鏈霉親和素SA的分離純化有兩種方法:

（1）經典方法包括硫酸銨沉淀、離子交換層析、結晶等流程。由于硫酸銨使培養液中的SA和內源性蛋白酶被共同濃縮、沉淀，因此蛋白酶作用加強，結果使SA分子降解，最后分離到的SA 分子量為60kD 左右，許多作為商品的核心SA就是將其進一步處理后得到。

（2）親和層析法，使用2-亞氨基生物素瓊脂糖凝膠4B親和柱，其與SA的親和力隨pH的下降而減弱，在pH 10~ 11范圍內，兩者緊密結合，當pH降至4時， SA即被解離下來，由于在pH 4~ 11范圍SA活性不受影響，因此分離純化SA效果良好。使用這一方法可直接從培養液中分離SA,因此省略了沉淀、濃縮等步驟，從而減弱了內源性蛋白酶的作用。